Phylogenetics

用 MAFFT、IQ-TREE 2、FastTree 建立與分析親緣樹，並以 ETE3 或 FigTree 視覺化。

安裝這個 skill 原始 SKILL.md ↗

來源: K-Dense
授權: Unknown
上游路徑: skills/phylogenetics
同步: 5f2bc03

開始之前

原始內容已更新，以下中文介紹待複核。請同時查看最新收錄版本。

適合的任務: 拿未比對 FASTA，經 MAFFT、IQ-TREE 2（或 FastTree）建樹，再用 ETE3 定根畫圖。
使用前確認: CLI 建議用 conda/bioconda 安裝；建樹用 MAFFT 搭配 IQ-TREE 或 FastTree，修剪另需 trimAl；繪圖需 ete3、PyQt5。須檢查比對品質，病毒或細菌序列先查重組。

起手提示：裝好後貼給你的 agent，替換「」或 <> 裡的內容

用 MAFFT 比對 <sequences.fasta>，IQ-TREE 2 以 -m TEST、1000 次 bootstrap 建樹並輸出 PNG。

依原始 SKILL.md 整理，本站尚未進行任務實測。

安裝這個 skill

來源文件宣告支援此平台；本站尚未進行安裝與任務實測。

安裝指令（需要 Node.js）

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill phylogenetics -g -a claude-code

手動安裝（不使用 npx）

clone 後複製到 skills 目錄

(
  skill_checkout=$(mktemp -d) &&
  git clone --depth 1 https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git "$skill_checkout" &&
  mkdir -p ~/.claude/skills/phylogenetics &&
  cp -R "$skill_checkout/skills/phylogenetics/." ~/.claude/skills/phylogenetics
)

實心圓點表示來源文件宣告支援該平台。安裝會取得來源的當前版本，可能與本站收錄版本不同；請先閱讀原始文件，確認執行權限與依賴需求。

收錄依據與使用條件

尚未進行任務實測

來源與依據: K-Dense 維護的技能目錄，依原始文件整理用途。查看本次收錄版本
來源文件宣告的平台: Claude Code、Codex、Gemini CLI、Cursor來源說明
作者標示的環境需求: Requires MAFFT and IQ-TREE 3 or FastTree executables. Optional tree summaries use Python 3.12 and ete3 3.1.3; rendering also needs PyQt5. Optional trimming needs trimAl. Network access is required for installation, not local inference.

資料觀察：2026-11-02 · 中文介紹整理：2026-10-02 · 整個來源專案有 55,726 顆 GitHub stars（非此 skill 的評分或使用人數） · 中文介紹依據的原始版本

同族元素 · 生物資訊

此 Skill 僅提供介紹與來源連結

尚未確認全文轉載條件，或來源授權有限制。請至原始 SKILL.md 閱讀完整使用說明。

來源與授權資訊

Source: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/5f2bc0341354fd5590aef76a533ada1e1e5b4e62/skills/phylogenetics
Commit: 5f2bc0341354fd5590aef76a533ada1e1e5b4e62
Declared license: Unknown
Mirror decision: unrecognized-declaration

--- LICENSE.md ---
MIT License

Copyright (c) 2025 K-Dense Inc.

Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
in the Software without restriction, including without limitation the rights
to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
furnished to do so, subject to the following conditions:

The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
copies or substantial portions of the Software.

THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
SOFTWARE.