Pyopenms

完整質譜分析平台。蛋白質體學工作流程：特徵偵測、肽段鑑定、蛋白質定量、LC-MS/MS 管線。

安裝這個 skill 原始 SKILL.md ↗

來源: K-Dense
授權: 3 clause BSD license
上游路徑: skills/pyopenms
同步: 5f2bc03

開始之前

原始內容已更新，以下中文介紹待複核。請同時查看最新收錄版本。

適合的任務: 用內建腳本處理 mzML：偵測特徵、跨樣本對齊產出定量矩陣、比對 HMDB 或過濾鑑定 FDR。
使用前確認: 需 Python 3.9+ 與 uv，範例針對 pyOpenMS 3.5.0，舊版教學的 API 已不相容；pip 套件未附 HMDB2StructMapping.tsv，需自行提供；胜肽層級 FDR 篩選不等於蛋白層級 FDR。

起手提示：裝好後貼給你的 agent，替換「」或 <> 裡的內容

用 pyOpenMS 腳本對 <s1.mzML、s2.mzML、s3.mzML> 偵測特徵、對齊並連結，輸出經 median 標準化的定量矩陣 CSV。

依原始 SKILL.md 整理，本站尚未進行任務實測。

安裝這個 skill

來源文件宣告支援此平台；本站尚未進行安裝與任務實測。

安裝指令（需要 Node.js）

npx skills add K-Dense-AI/scientific-agent-skills --skill pyopenms -g -a claude-code

手動安裝（不使用 npx）

clone 後複製到 skills 目錄

(
  skill_checkout=$(mktemp -d) &&
  git clone --depth 1 https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills.git "$skill_checkout" &&
  mkdir -p ~/.claude/skills/pyopenms &&
  cp -R "$skill_checkout/skills/pyopenms/." ~/.claude/skills/pyopenms
)

實心圓點表示來源文件宣告支援該平台。安裝會取得來源的當前版本，可能與本站收錄版本不同；請先閱讀原始文件，確認執行權限與依賴需求。

收錄依據與使用條件

尚未進行任務實測

來源與依據: K-Dense 維護的技能目錄，依原始文件整理用途。查看本次收錄版本
來源文件宣告的平台: Claude Code、Codex、Gemini CLI、Cursor來源說明
作者標示的環境需求: Requires CPython 3.11+ and pyOpenMS 3.6.0; pandas and NumPy for tables, Matplotlib for plots. Wheels support macOS 15+ arm64, Linux glibc 2.34+ x86-64/arm64, and Windows x86-64. Search-engine executables are separate.

資料觀察：2026-11-02 · 中文介紹整理：2026-10-02 · 整個來源專案有 55,726 顆 GitHub stars（非此 skill 的評分或使用人數） · 中文介紹依據的原始版本

同族元素 · 生物資訊

此 Skill 僅提供介紹與來源連結

尚未確認全文轉載條件，或來源授權有限制。請至原始 SKILL.md 閱讀完整使用說明。

來源與授權資訊

Source: https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/5f2bc0341354fd5590aef76a533ada1e1e5b4e62/skills/pyopenms
Commit: 5f2bc0341354fd5590aef76a533ada1e1e5b4e62
Declared license: 3 clause BSD license
Mirror decision: unrecognized-declaration

--- LICENSE.md ---
MIT License

Copyright (c) 2025 K-Dense Inc.

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